קהילת יהודי בוכרה, הקרויה על שם העיר בוכרה שבאוזבקיסטן, עברה גלגולים רבים, כתוצאה מהכיבושים ומהתמורות הגאו-פוליטיות שעברו על תושבי האזור. במחצית השנייה של המאה ה-19, חלק מיהודי האמירות בוכרה עברו משלטון האמיר המוסלמי לשלטון קולוניאלי רוסי, ובאופן טבעי הייתה לכך השפעה על השפה, על התרבות, על הזיקה לדת, על ההשכלה ועל המודרניזציה.
קשה להגדיר במדויק את הגבולות הגאוגרפים התוחמים את המרחב עליו ישבה יהדות בוכרה המרכז-אסייתית. אך לפי מקורות רוסים מודרניים, הטריטוריה החדשה שנוצרה במקומן של אמירות בוכרה, אמירות קוקנה וח'אנות חיוה בתקופה הסובייטית, כוללת 5 מדינות, והן: אוזבקיסטן, טורקמניסטן, טג'יקיסטן וקירגיסטן המוכרות לנו היום, והחמישית שבהם, שיש המכלילים אותה בטריטוריה זו, היא קזחסטן. פניי השטח מאופיינים באקלים יבשתי קיצוני, ובשונה מאזורים היבשתיים, ישנה שרשרת הרים גדולה שבמזרח מרכז אסיה שלצידה מתנשאים כמה פסגות גבוהות.
יצוין כי במהלך תקופה זו, ב-1914, מנו יהודי בוכרה 22,150 נפש, שרובם חיו במחוז סמרקנד, כחמישית מהם במחוז פרגנה, והשאר במחוזות אחרים, בהם אמירות בוכרה.
בעקבות התפתחות הכלכלה והידוק קשרי המסחר של יהודי בוכרה עם מרכז אירופה, חלחלו רעיונותיה של תנועת 'חיבת ציון' לקהילה הבוכרית. יחד עם הידיעות על עליה לארץ ישראל מקהילות אחרות בעולם, התעוררה בקרבם הכמיהה לעליה לארץ.
בעוד שהמגמה הרווחת בקהילות יהודיות אירופאיות שונות בעולם, הייתה התרחקות מארץ ישראל בתקופות רווחה, והתקרבות בעתות מצוקה, בעניין הציונות – קהילת יהודי בוכרה פעלה בדומה לקהילות ישראל אחרות בארצות ערב והאסלאם והמצב היה הפוך. בשל הזדהות עם מסרים ועם ערכים דתיים ולאומיים, ופריחה כלכלית במחצית השנייה של המאה ה-19, רבים גילו רצון להתיישב בירושלים ולחזק את הקשר עם ישראל בכלל ועם ירושלים בפרט.
כך החל משנת 1870 גבר זרם העולים מבוכרה. עד סוף שנות ה-80 של אותה מאה, הגיעו עשרות עולים, וכך הוקמה שכונת הבוכרים בירושלים, שמנתה כ-500 עולים יוצאי העדה. יהודים-בוכרים נוספים, שיכלו להרשות לעצמם, הודות לשיפור מעמדם, למצבם הכלכלי ולביטחון בדרכים, הגיעו לישראל לביקור, וחלקם אף קנו בה אדמות. בנוסף, יהודי בוכרה הירושלמים הוציאו ספרים שהועברו לבני הקהילה שנשארו במרכז אסיה, וכך חיזקו את הקשר למסורת היהודית ולארץ ישראל, ועוררו את השאיפה לעלות ולהתיישב בארץ ישראל.
החל מסוף המאה ה-19, ועד פרוץ מלחמת העולם הראשונה, עלו לישראל כ-1,500 יהודים בוכרים, ובשנות ה-20 של המאה ה-20, עלו כ-4,000 נפש. בשנות ה-30 של אותה מאה, הופסקה העלייה, והתחדשה רק בשנות ה-70. עד שנת 1989 עלו לישראל כ- 24,700יהודים המהווים כ 50% מכלל הקהילה. המחצית האחרת היגרה לארה"ב ולמדינות אחרות. שיא העלייה היה בתחילת שנות ה-90 של המאה ה 20, ועד סוף 2014 הגיעו למדינת ישראל כ-125,000 נפש.
